Пред история:Действие происходили в не столь отдалённом, но гораздо более технологичном 2013 году. Главный герой - мальчик Шион, которого всю жизнь воспитывали как представителя высшей элиты, как раз и жил в районе No.6, можно сказать, топ-районе, районе-люкс. Однако в свой двенадцатый день рождения он умудрился спасти некоего парнишку, зовущего себя Недзуми ("Крыса") и сбежавшего из под надзора городской Зоны Повышенной Охраны. Спустя несколько лет они снова встретились, но в этот раз помощь понадобилась уже Шиону. В итоге они спасли тот район от утопии, закрывающей людям глаза и затмевающей их разум.

Спустя 3 года после событий в конце первого сезона  аниме. Шион отправился на поиски Недзуми. А на руинах бывшего города тайно начали возводить новую "слепую" утопию, поэтому за стенами нынешнего района стали опять образовываться группировки, а так же просто одиночки, протестующие против нового устройства.
Получиться ли у них сломить усовершенственную  систему "мира грез"? Найдут ли они правду создания шести городов? Встретятся ли с героями, уже когда то разрушившими Шестую зону? Итак, игра началась...